A irmandade da Santa Casa da Misericórdia de Cabeção foi fundada nos últimos anos do século XVI e a Igreja foi erguida à sua sagração em 1600, com licença do arcebispo de Évora D. Teotónio de Bragança.
É um templo de arquitectura modesta que já sofreu algumas remodelações, uma das quais após o terremoto de 1755. De relevar a existência, no seu interior, de 12 quadros que revestem as paredes com temas pictóricos retirados da Bíblia.
A Igreja da Misericórdia de Cabeção foi em tempos um hospital e, mais recentemente, o seu piso térreo também serviu de creche